La vallée de Glencoe est entachée d'un sanglant épisode au XVIIème siècle, lié à la révolte jacobite.
En quelques mots, Jacques II (roi d'Angleterre, d'Ecosse et d'Irlande) fut détrôné en 1688 par la Glorieuse Révolution et Guillaume d'Orange fut placé sur le trône ; les partisans de Jacques II qui refusèrent de reconnaître Guillaume comme roi légitime se nommèrent "jacobites" car en latin Jacques s'écrit Jacobus. Le jacobitisme réunit généralement les partisans de la dernière dynastie écossaise des Stuart, face aux rois britanniques.
En 1691, victorieux après des années de combat, Guillaume proposa le pardon à tous les clans qui s'opposaient à lui en échange d'un serment, à prêter devant un magistrat avant le 1er janvier 1692. Ceux qui s'y refuseraient connaîtraient de sévères représailles. Les lairds (chefs de clans, mot qui a donné "lord" en anglais) demandèrent l'approbation de Jacques II qui était alors exilé en France et qui tarda à répondre ; il les autorisa finalement à prêter serment, ce qu'il firent vers mi-décembre.
Alistair MacLain, l'un des lairds du vaste clan des MacDonald de Glencoe, attendit le 31 décembre pour se rendre à Fort William afin de prêter serment à son tour... Mais cela lui fut refusé : il devait se rendre à Inveraray pour prêter serment devant le sheriff de l'Argyll. On lui remit une lettre destinée au sheriff, expliquant qu'il s'était présenté aux autorités avant la fin du délai imparti, et on lui assura qu'il n'y aurait aucune poursuite contre son clan.
MacLain mit trois jours pour atteindre Inveraray, où on le fit patienter trois jours de plus avant de rencontrer enfin le sheriff, qui revenait d'une fête de nouvel an. Le serment fut prêté, et MacLain reçut une nouvelle fois l'assurance de ne recevoir aucune sanction ; mais ce malencontreux retard allait signer l'arrêt de mort des MacDonald de Glencoe.
Fin janvier, un régiment de 120 hommes sous les ordres du capitaine Campbell (venu officiellement collecter un impôt) demanda l'hospitalité aux MacDonald ; en raison des lois écossaises, ils furent accueillis chez les chefs de clan. Deux semaines plus tard, le 12 février, Campbell reçut l'ordre (venant du roi Guillaume) de passer les MacDonald au fil de l'épée le lendemain matin, "tous ceux de moins de soixante-dix ans", "afin que ces mécréants soient annihilés, racine et branche". Le capitaine Campbell passa la soirée à jouer paisiblement aux cartes avec ses hôtes, et accepta une invitation à dîner d'Alistair MacLain pour le lendemain soir.
Le 13 février, à cinq heures du matin, le massacre débuta. Alistair MacLain fut tué dans son lit, mais ses fils et d'autres membres du clan purent s'échapper (certains soldats ayant refusé de se livrer au massacre de leurs hôtes les avaient prévenus, certains ayant même brisé leurs épées pour ne pas y participer - ces soldats seront arrêtés mais témoigneront plus tard contre leurs supérieurs).
Les MacDonald furent poursuivis dans la vallée de Glencoe, et tués les uns après les autres. 38 hommes furent ainsi massacrés. Les soldats brûlèrent leurs maisons, et 40 vieillards, femmes et enfants furent abandonnés dans la neige, sans toit, nourriture ni feu pour se réchauffer. Il n'y eut aucun survivant.
La tuerie de Glencoe est la parfaite illustration de la pire sorte d'assassinat reconnu par les lois écossaises, le "murder under trust" ou "meurtre en confiance". Son écho parmi la population fut si retentissant que les grands soulèvements jacobites de 1745 derrière Bonnie Prince Charlie, le dernier représentant des Stuart, se fera en partie au nom du massacre de Glencoe.